石菖蒲与水菖蒲的区别主要在于它们的叶子、根处还有花瓣不一样。石菖蒲和水菖蒲都是菖蒲的一种。石菖蒲是来自天南星科植物石菖蒲的干燥根茎。水菖蒲是来自天南星科植物水菖蒲的干燥根茎。
叶子区别
石菖蒲的叶子是暗绿色，叶片是薄薄的，看起来是线形的，一般来说，叶子的长度是在20-30cm左右，最长的时候可能会达到50cm。而水菖蒲的叶子是绿色的，叶片是剑状的线形，长度会比石菖蒲要更长一些，一般都在90-cm左右。
根处区别
石菖蒲根部形状类似扁圆柱形，长度是3到20厘米，根茎的粗度是2－5毫米，表面颜色
可能是棕褐色或者是灰棕色，根茎是肉质的，上面还有一些须根。而水菖蒲形状要比石菖蒲更加粗大一些。由于水菖蒲的根茎是横走的，所以它的分枝较少，表面颜色也是浅淡的。
花瓣区别
石菖蒲花瓣的样子有点像三棱状，颜色是浅绿色或者*白色，一般在每年的二月份开花。而水菖蒲花瓣要比石菖蒲更扁一些，它一般是在春秋季节开花，也就是每年的6到9月份。