这是一部关于女主杏奈精神与心灵成长的奇幻故事，当然也加入了一些超自然的现象。故事采用双女主为题材和主轴，这点也为动画埋下了一个深沉的伏笔，当中的一些对白和片段貌似是在表达百合之类的故事内容？如果这样想那可就错了，一个适合阖家观赏的吉卜力动画不会上演这种情结，其实本作在传达的是有关亲情和友谊的故事情节。
故事的主角佐佐木杏奈是一个12岁的少女，个性孤僻，不擅长与人交流，或许是因为自己是养女，跟养母赖子之间总保持着刻意的礼貌问候。赖子希望杏奈能够像其他小孩那样开心的生活着，而因为杏奈患有气喘，跟医生沟通后决定让杏奈暑假到亲戚家居住，希望藉由多呼吸新鲜空气，能够让她的气喘好些，也希望杏奈能够快乐一些。
无意间发现的湿地大宅，跟梦中曾经见过的房子好像，在动画中，杏奈不时的会梦想大宅里的模样和在二楼的金发女孩。但靠近一看却发现房子里面满是灰尘，像是年久失修，很久没人居住，事实上当地人也说这里已经很久没人回来过了，那么杏奈看到的是什么？
原来金发女孩叫做玛妮，是住在大宅里的小孩，杏奈遇见了她之后改变了原有的生活，她们分享着彼此内心的秘密。玛妮似乎很早以前就已经认识杏奈了，而杏奈也感觉与她似曾相识，两人一起经历了派对、野餐、到谷仓冒险，她们一起经历越多的事，剧情越是朝着不可思议的方向前进。
当两人受困谷仓，玛妮口中叫着的“和彦”是谁？甚至当杏奈清醒时却发现玛妮早已离开谷仓，伤心难过的杏奈以为玛妮背叛了她，跟她的父母一样丢下了她。当两人再次相遇，玛妮却说杏奈从来都不曾在谷仓出现过。
故事中后段，这栋大宅有人搬了进去，戴着大眼镜、名字叫彩香的女孩在这里发现了一本被称作“玛妮之少女”所写下的日记，她感到好奇、开始想查出背后的秘密。而她们遇上经常出现在湿地岸边、对着大宅作画的中年女子园田久子也是玛妮小时候的朋友，她将玛妮的人生讲述予杏奈和彩香，杏奈与玛尼之间的关系也越来越明朗化。
当赖子前来接杏奈回家时，给了她看一张泛黄的照片，照片里是湿地大宅，背面写了字，“我最喜欢的房子玛妮”，这瞬间杏奈懂了。原来，玛妮是杏奈的外婆，穿越了时空的羁绊，在梦境与现实之间，为了开导封闭的杏奈，让她经历了许多玛妮曾经的故事，希望她能喜欢所拥有的一切，即使是平凡的生活，也是无数人梦寐以求的。
故事就是这么的奇妙，玛妮这个人物出现，不只是因为杏奈的幻想，而是因为她真实存在过，她想活在她所喜欢的大宅里，看着大海，她会出现在杏奈面前，是因为想用笑容鼓励杏奈，去找寻幸福，也是她想用这种方式去照顾杏奈，去弥补她曾经没办法给出的爱及关怀吧。理解了一切的杏奈终于也变得正常了起来，带着亲人满满的爱，多爱自己一点，多爱别人一点，一切都会更好的。